يتكون المركز من : 

1 ــ المسجد : 
وقد بني على الطريقة الإسلامية البديعة ومزين من الداخل بقبة ذات نقش إسلامي مذهب ومن الخارج مطلية بالذهب . 

مكون من ثلاثة طوابق الأرضي لصلاة الرجال ويتسع لحوالي 1500 مصل ومغطي بسجادة هي صورة من نقش القبة من الداخل والدور الثاني مصلى للنساء ومزود بمصعد وكذلك بدرج من الجانبين والدور الثالث مخصص لخدمات التكييف المركزي للمسجد وله ستة أبواب من النحاس المحلي بالنقش  اليدوي.

والمئذنة تخرج من بركة بها ماء من جميع الاتجاهات وارتفاعها 45 مترا والجزء العلوي مطلي بالذهب أيضا. 

وعلى جانبي المسجد يوجد أماكن لوضوء الرجال وا لسيدات.،

ويربط المسجد بالمركز الطبي ممرات مصممة على الطريقة الإسلامية محلاة بالإضاءة  الخافتة وبينهما أربع  نوافير للمياه مصممة أيضا بالطريقة ا لإسلامية .
والمركز الطبي مكون من:-

ا- المدخل الرئيسي الجزء الأيمن مخصص استراحة لمرضى العيادات الخارجية، والجزء ا الأيسر مخصص لرواد المكتبة.

2 ــ الجناح الأيمن به عيادات خارجية لعلاج الأمراض التي يختارها المركز وتشمل في الوقت الحالي تقديم العلاج لثلاثة عشر مرضا حيث وصل عدد المترددين إلى 35466 مريضا.

3 ـ الجناح الأيسر: مكتبة زاخرة بكتب التراث والفقه والطب والصيدلة والعلوم المتعلقة بهم.

4 ــ الدور الثاني يحتوي على الإدارة وقاعة اجتماعات مجلس أمناء المنظمة الإسلامية للعلوم الطبية.

القسم العلاجي

1 ــ إحياء تعاليم الدين الإسلامي الحنيف التي تتعلق بمختلف العلاجات للأمراض البدنية والنفسية والوقائية منها وتحديث البحوث والدراسات التي وضعها الرواد من الأطباء المسلمين على ضوء التقدم التفني المعاصر وتطبيقها بأسلوب علمي حديث لخدمة الإنسانية . 

2 ــ ربط الدراسات الطبية والتعاملات بين أفراد المهنة الطبية العاملين بالقيم التي ارتكزت عليها الحضارة الإسلامية وتعاليم الدين الحنيف والشريعة السمحاء وتوعية النشء المسلم بتراثه في هذا المجال من خلال تردده وعلاجه بالمركز . 

وبالتالي تتوحد المفاهيم العلمية والأخلاقية الإسلامية للمهن الطبية وتعمم . 

3 ــ نرى أن من واجبنا أن نذكر أن الإسلام لديه من الوسائل لاكتمال الصحة والتي تتفوق على أي برنامج كان قديم أو حديث . وهذه الوسائل موجودة بالنظافة ــ الرياضة ــ الاستحمام ــ الصلاة ــ الصيام ــ إلى آخر ذلك مما ذكر في القرآن الكريم . 

1 ــ الحساسية الأنفية . 
2 ـ الجيوب الأنفية.
3 ـ الربو الشعبي.
4 ـ أمراض الجهاز التنفسي .
5 ـ الصداع النصفي.
6 ــ الروماتزم.
7 ـ  السكر.
8 ـ أمراض الجهاز البولي المتمثلة في الالتهابات والحصى .
9 ـ قرحة الأتنى عشر وزيادة الحموضة.
10 ـ البهاق ( الأمراض الجلدية ).
11 ـ الإمساك .
12 ـ زيادة دهنيات الدم .
13 ـ كسل في كفاءة الكبد . 
واتسع العمل ليشمل قطاعا كبيرا في المجتمع الكويتي بل العربي لأن لدينا مرضى من مختلف دول الخليج .

قسم الأبحاث الدوائية 
يمثل المركز الإسلامي للعلوم الطبية الأداة التنفيذية الطبية للمنظمة الإسلامية للعلوم الطبية حيث يتم من خلال المركز  إجراء الأبحاث والتطبيقات العملية والعلاج الطي بواسطة النباتات والأعشاب الطبية
بدون استخدام الأدوية والمستحضر ات الكيماوية.
وقد استطاع المركز إدخال العلاج بالنباتات الطبية لحالات مرضية عديدة.
كما تم وضع تفسير وشرح علمي لطريقة تأثير النباتات والأعشاب الطبية في علاج الحالات المرضية.

وتم وضع كتاب تضمن المواصفات الخاصة لتسجيل ومراقبة المستحضرات الصيدلانية التي من أصل نباتي.

ويشمل المركز الإسلامي للعلوم الطبية على العديد من الأقسام والوحدات التي تقوم بمهام وأنشطة متنوعة تمثل في مجموعها الأعمال التي يقوم بها المركز. وهي:

معمل الأجهزة الحساسة

يتولى المعمل إجراء التحليل الكمي والكيفي للمحتوى الفعال للنباتات وبالتالي كشف سوء التخزين أو الغش وأثر التصنيع على مكونات النباتات المستخدمة في التركيبات الصيدلية ومدى ثبات المواد الفعالة في هذه التركيبات كما يقوم المعمل بدراسة التوافر الحيوي ومعدلات الإذابة والانتشار للمحتويات الفعالة في التركيبات الصيدلية والتعرف على العناصر المختلفة " الموجودة في النباتات وتحديد نسبتها.

وحدة ا لميكروبيولوجيا:

وتنصب مهام هذه الوحدة في الكشف عن الميكروبات في النباتات الطبية وعزل وفحص وتشخيص طبيعة هذه الميكروبات.
كما تقوم هذه الوحدة بعمل مسح ميكروبيولوجي للمواد الفعالة في الخلاصات والمواد المفصولة من النباتات الطبية . 
وقياس النشاط القاتل والمثبط للمواد المفصولة والخلاصات  للمواد الفعالة.
كما تقوم أيضا باختبار خلو المستحضرات الصيدلية المحضرة بالمركز للميكروبات المسببة للأمراض واختبار التعقيم للمستحضرات الصيدلية المعقمة. والعمل على وصول المستحضر الصيدلي إلى المريض في صورة فعالة باستخدام أنسب وسائل التحليل
الميكر وبيولوجي الدقيق.

يتولى قسم الصيدلانيات عمل تقييم صيدلاني لجميع المستحضرات الصيدلية المحضر داخل المركز، وكذلك دراسة ثبات هذه المستحضرات لحساب تاريخ صلاحيتها كما يقوم القسم بدراسة صيدلانية حول استبعاد الكحول الأثيلي من المستحضرات الصيدلية التي تحضر في المستشفيات والمجمعات والمستوصفات داخل الكويت.

كذلك يقوم القسم بعدة وظائف هامة تشمل:

صياغة الأعشاب الطبية في صورة مستحضرات صيدلية مثل الأقراص والكبسولات والأشربة والمساحيق وا لمعاجين.
تقييم المستحضرات الصيدلية المحضرة حسب ما ورد في دساتير الأدوية المختلفة.
دراسة ثبات المستحضرات عند درجات ورطوبة مختلفة وذلك لحساب تاريخ صلاحيتها والطرق
المناسبة لتخزينها.
دراسة استبعاد الكحول من المستحضرات الصيدلية باستعمال بدائل غير ضارة وذلك لتحضير مستحضرات
إسلامية خالية من المحرمات.

قسم العقاقير:

يقوم قسم العقاقير بالمركز الإسلامي للعلوم الطبية بعمل دراسات عن كافة النباتات التي ترد إلى المرضى وذلك من الناحيتين الظاهرية والمجهرية.

قسم الكيمياء الحيوية

يعمل على دراسة التأثير الكيميائي الحيوي للنباتات الطبية وذلك من خلال دراسة تأثير النباتات الطبية على مستوى المكونات البيوكيميائية في دم وأنسجة حيوانات التجارب لتقييم ميكانيكية تأثيرهما، ومتابعة التغيير في المستوى الكيميائي الحيوي للدم وأنسجة حيوانات التجارب بعد تعاطي النباتات الطبية لفترات متفاوتة لتقييم الأمراض الجانبية لهذه المركبات.

يعمل على دراسة النباتات الجديدة التي ترد إلى المركز من الناحية الكيميائية وذلك للتعرف على المواد الفعالة وتعيين الثوابت الدستورية وفحص الخلاصات المختلفة كروماتوجرافيا- تحليل المواد الفعالة بالطرق المختلفة وتقديرها كميا.

قسم الأقرباذين:

يقوم بعمل التقييم الأقرباذيني ودراسة سمية النباتات الطبية على حيرانات التجارب وذلك صن خلاله دراسة تأثير التركيبات النباتية على حيوانات التجارب وعلى الأعضاء المعزولة منها لمعرفة احتمال استعمالاتها العلاجية.
ودراسة ميكانيكية هذا المفعول الأقرباذيني للتركيات مجملة ولمكوناتها النباتية المختلفة على مستوى الأنسجة ومحتوياتها البيوكيميائية وكذلك على مستوى الخلية. 
ودراسة سمية هذه النباتات بإعطائها لحيرانات التجارب لفترات متفاوتة وتعيين الجرعات غير المميتة مع ملاحظة الأعراض الجانبية لمده التركيات على الأنسجة المختلفة وعلى مكونات الدم ومكوناته البيوكيميائية وكذلك التأثير على الإخصاب وعلى الحيوانات الحوامل وأجنتها والحيوانات حديثي الولادة وعلى نموها.

قسم الرقابة:

يعمل على التأكد من مطابقة المواصفات الموضوعة لكل مستحضر وبالتالي التأكد من أن الجرعة الموصوفة للمريض سوف تعطي التأثير العلاجي المتوقع.
وتوضح هذه المواصفات بالاستعانة بدساتير الأدوية المختلفة حيث يتم تحضير محاليل قياسية تطبق عليها
الاختبارات بالنسبة لكل مستحضر على حدة وباستخراج النتائج تحدد المواصفات التي يتم على أساسها تقييم المستحضر.
وتشمل عملية الرقابة على المستحضرات تعيين الخواص الطبيعية والصيدلانية والفحص المجهري والكيميائي لمكونات المستحضر.

ثانيا: تصنيع الأشربة عن طريق 1ستخالاص عصارة النباتات الطبية بالغليان في 1 لماء ثم ترشيحها وإضافة 1لسكر والمواد الأخرى.

ثالثا: التجفيف بالتجميد عن طريق 1لتبريد وهي الطريقة لتحضير بعض 1لموادالحساسة للحرارة في صورة نقية بدون تعرضها للحرارة عن طريق1 لجهاز  المخصص لذلك.